Первые навигационные знаки из дерева появились в Швянтойи и Паланге в XIX веке. Нынешний маяк был изготовлен Минским заводом металлоконструкций по типовому проекту «Б48П». Монтаж металлоконструкции начался 18 февраля 1956 года и 29 февраля 1957 года маяк был пущен в эксплуатацию. Он представлял собой четырёхугольную башню скелетного типа высотой 35 метров с восьмиугольной лантерной диаметром 2,2 метра. Верхние 12 метров башни обшиты досками, окрашенными в красный цвет с горизонтальной белой полосой. Общая высота маяка - 39 метров. Данному маяку предшествовал деревянный, но никаких данных о нём нет.

В 2000 году маяк подвергся капитальному ремонту. Было заменено почти всё оборудование. В 2001 году на маяк была установлена система удалённого мониторинга технического состояния. Летом 2016 года на маяке было установлено светодиодное световое оборудование производства эстонской фирмы Cybernetica AS.

Одновременно со строительством маяка, у входа в порт была установлена мачта наутофона. В 1964 году наутофон был обновлён. Через год после постройки Швянтойского маяка, в 1958 году, в Ленинградской области в посёлке Красная Горка был построен его близнец.